ระบบภูมิคุ้มกันโดยธรรมชาติมีบทบาทสำคัญในการควบคุมปฏิสัมพันธ์ระหว่างโฮสต์กับจุลินทรีย์และโดยเฉพาะอย่างยิ่งในการป้องกันเชื้อโรคที่บุกรุกเยื่อเมือกเซลล์เอฟเฟกต์โดยกำเนิด เซลล์ต่อมน้ำเหลืองโดยกำเนิดกลุ่มที่ 3 ไม่เพียงทำหน้าที่ในช่วงแรกของการติดเชื้อเท่านั้น แต่ยังสามารถฝึกให้พัฒนารูปแบบหน่วยความจำทางภูมิคุ้มกันที่มีมาแต่กำเนิดได้อีกด้วย

สามารถปกป้องโฮสต์ระหว่างการติดเชื้อซ้ำได้ การต่อสู้กับการติดเชื้อ Escherichia coli ซึ่งเป็นสาเหตุของโรคลำไส้หรือมีเลือดออกในทางเดินอาหารถือเป็นความท้าทายด้านสาธารณสุขที่สำคัญ แบคทีเรียเหล่านี้ซึ่งมีอยู่ในน้ำดื่มหรืออาหาร อาจทำให้เกิดอาการท้องร่วงถาวรที่เกี่ยวข้องกับการอักเสบในลำไส้เฉียบพลันได้ ดังนั้น Escherichia coli ที่ทำให้เกิดโรคในลำไส้และลำไส้เล็กส่วนต้นทำให้เกิดโรคได้เกือบ 9% ของการเสียชีวิตในเด็กทั่วโลก เยื่อเมือกในลำไส้มีระบบการป้องกันที่ซับซ้อนซึ่งช่วยให้สามารถต่อสู้กับการติดเชื้อจากเชื้อโรคในขณะที่ยังคงทนต่อจุลินทรีย์ทั่วไป ซึ่งจำเป็นสำหรับการทำงานของร่างกายตามปกติ การเฝ้าระวังอย่างต่อเนื่องนี้ดำเนินการโดยระบบภูมิคุ้มกันโดยธรรมชาติ ซึ่งให้การป้องกันตั้งแต่เนิ่นๆ ในชั่วโมงแรกหลังการติดเชื้อ จากนั้นระบบภูมิคุ้มกันแบบปรับตัวได้พัฒนาหน่วยความจำสำหรับเชื้อโรคที่พบโดยการกระตุ้นตัวรับจำเพาะที่แสดงออกที่พื้นผิวของลิมโฟไซต์ B และ T ซึ่งจะทำให้สามารถผลิตแอนติบอดีป้องกันและไซโตไคน์ที่อักเสบได้ ต่างจากหน้าที่ที่กำหนดไว้อย่างชัดเจนของระบบการปรับตัวในความอดทนและการป้องกันในระยะยาว บทบาทของระบบโดยกำเนิดในหน่วยความจำภูมิคุ้มกันยังคงถูกกำหนด